酶在飼料中的主要作用是提高飼料中消化養分的比例，提高飼料的利用率。動物飼料主要分為谷物類及粕類，植物細胞壁的存在影響了養分的消化吸收。豬、禽等自然分泌的酶無法分解細胞壁，所以只有在飼料中補加相應的酶才能將其降解。玉米、大麥等谷類以及麥麩、餅粕等農副產品，經添加纖維素酶類、半纖維素酶和果膠酶，在幾組酶的協同作用下才能破壞植物的細胞壁，使其變得松軟，促使細胞壁及其細胞內容物在動物胃腸中消化吸收，從而提高飼料利用率。木聚糖酶在家禽日糧中的應用較為廣泛。研究表明，木聚糖酶能有效促進飼料營養物質吸收消化，提高家禽生產性能。徐駿等報道，添加木聚糖酶0.05%使試驗組仔雞增重提高，而料重比降低。
抗營養因子具有抗營養作用，不同飼料成分含有不同的抗營養因子。抗營養因子產生作用的方式包括抗營養因子在畜禽胃腸道內與養分結合形成復合物，從而阻止養分的吸收；另外抗營養因子直接抑制對養分消化吸收具有促進作用的內源酶活性，飼料中的半纖維素和果膠溶于水后會產生黏性溶液，增加了消化道內容物的黏稠度，使營養物質和內源酶難以擴散，縮短了飼料通過腸道的時間，影響了動物的消化吸收。在復合酶的協同作用下，可將纖維素、果膠以及糖蛋白降解為單糖和寡糖，降低了腸道內容物的黏稠度，減少了此類物質對消化利用的阻礙，增加了養分的消化吸收。據報道，飼料中添加酶制劑還能激活內源酶的分泌，從而提高飼料的消化利用率，促進動物生長。木聚糖酶的添加也可以促進纖維在反芻動物瘤胃中的消化。高春生等報道，在草魚基礎飼料中添加木聚糖酶0.05%-0.2%，結果發現，草魚增重率提高，餌料系數降低，干物質、粗蛋白質、粗脂肪和粗纖維的消化率提高。
農作物秸稈在世界上的產量每年約有20-30億噸。我國是一個農業大國，農作物秸稈資源十分豐富，作物秸稈中約有65%-80%的干物質能夠向動物提供能量，而目前用作飼料的不足10%，絕大部分農作物秸稈仍直接還田或作為燃料使用，既造成資源浪費，又污染環境。除了牛等少數草食家畜能消化秸稈中的纖維素之外，其他家畜都不能利用這部分能量，而且由于纖維素的存在，反而會影響其他營養物質的消化，從而降低飼料營養價值。纖維素酶是分解纖維素的一類酶的總稱，其主要作用是降解畜禽消化道內NSP，降低腸道內容物黏性，促進營養物質吸收，減少禽畜下痢，從而促進畜禽生長和提高飼料利用率。農物秸稈中含有較多的NSP，主要包括阿拉伯木聚糖、葡聚糖、半乳糖、果膠、纖維素等。因單胃動物不能分解NSP，從而使其成為一種抗營養因子。酶制劑可消除飼糧中的抗營養因子，提高飼料利用率，節約飼料資源。
近年來，由于農戶養殖成活率低、生長速率慢，家庭式養殖的數量逐漸減少，在推廣企業+農戶式的生產方式過程中遇到很大難度。酶制劑在飼料中的應用能改 善NSP引起的家禽消化、免疫器官發育不良，調節血液代謝激素的水平，最終提高家禽的生產性能和成活率。在小麥基礎日糧中添加木聚糖酶能使肉仔雞的脾臟、胸腺和法氏囊的相對重量提高，死淘率下降60%。史寶軍等研究發現，在小麥型基礎日糧中添加木聚糖酶可以使肉雞日增重提高2.38%，料重比下降6.91%，成活率提高6.47%。