工業工藝對很多企業來講至關重要。這些生產工序通常每年消耗大量的能源，因此生物酶技術在生產工藝的改進方面有著巨大的潛力。
人口的增長、更加嚴厲的環保政策和對循環材料的要求的提高，無疑將導致多數工業污水處理過程中能源消耗的增加。涵蓋從食品加工到紡織品生產的制造業有多種方法和工藝可供選擇。
我們平時用到的工藝通常是各種環境問題的起因，這些工藝可能產生很多化學殘渣、難處理的廢物附加物和排放包含有機污染物和致病菌的有毒廢水。這些工藝也存在很多其他的瑕疵，比如說工藝效率低。在最近的工業發展過程中，很多企業已經轉向使用微生物方法運作來杜絕常規方法可能導致的問題。
政府對工業垃圾和污水排放更嚴厲的標準和要求和，更強硬的環保規范以及成本效率也在這一轉變中發揮了關鍵作用。將新的工藝加入到現有的處理設備上很困難同時成本較高。而微生物方法對工廠設計和設備的要求較低并且已被證實是行之有效的。